На одной странице может быть несколько экземпляров одного и того же пользовательского элемента, поэтому внутренняя Shadow DOM будет совместно использовать одни и те же идентификаторы.
Что касается стандартов ...
HTML5 Rec W3C не включает Shadow DOM, поэтому для них это не тема.
Стандарт жизни HTML WHATWG утверждает, что идентификатор должен быть уникальным среди дерева узлов, но не уточняет, является ли сплющенное дерево (комбинация деревьев Light DOM и деревьев Shadow DOM) обеспокоен. Насколько я понимаю, спецификации не говорят, что это не верно: -)
При указании в элементах HTML значение атрибута id должно быть уникальным среди всех идентификаторов в дереве элемента и содержать хотя бы один символ.
На самом деле браузеры не сталкиваются с одинаковыми идентификаторами.
Я не думаю, что ярлыки Aria могут пересекать Shadow DOM, это должно зависеть от реализации браузера. Здесь снова спецификации ничего не говорят на Shadow DOM.
Обновление
Как указано во введении Google в Sur Shadow DOM:
DOM Scoped означает, что вы можете использовать простые селекторы CSS, более общие имена идентификаторов / классов и не беспокоиться о конфликтах имен.
Действительно, тот факт, что Shadow DOM позволяет вам создавать веб-компоненты, которые вы можете распространять и использовать повторно, вероятность того, что внутренние идентификаторы будут совпадать с другими идентификаторами других компонентов на той же странице, но разработанными другими разработчиками, высока, а Scoped DOM является хороший ответ