Вы не выйдете из mainloop()
, пока не закончите использовать графику черепахи. Например:
from turtle import Screen, Turtle, mainloop
count = 0
number = -1
def up_count(x, y):
global count
count += 1
if number == count:
screen.bye()
def start():
global number
number = int(raw_input("Enter number: "))
print "You need to click on window", number, "times"
screen.onclick(up_count)
screen = Screen()
turtle = Turtle()
start()
mainloop()
print "Game over!"
Полагаю, это не ваша цель, поэтому объясните в своем вопросе, чего вы хотите от этого.