Вы можете сделать что-то вроде этого,
db.table1.find({}).forEach(function (t1) { // foreach on table one
var t2 = db.table2.findOne({ uniqueid: t1.uniqueid},
{ column1: 1,column2:1 }); // finding unique id of table1 with table2
if (t2 != null) { // checking if not null
t1.column1 = t2.column1; // assigning tabl2's value to table1
db.table1.save(t1); // save it
}
});
Пожалуйста, удалите мои комментарии