Работает намного лучше в большинстве случаев. Просто убедитесь, что у ваших пользователей последняя версия Flash Player 9 или новее. (Первый выпуск FP9 не имел поддержки h264)
Некоторые минусы:
- h.264 декодирование требует большей вычислительной мощности
- у вас возникнут проблемы с использованием так называемой псевдопотоковой
Плюсы:
- Более высокое качество / размер файла
- Вы можете искать любой кадр, а не только ключевые кадры с FLV.
Я уверен, что есть что-то еще с обеих сторон, но это самые очевидные.