Вы не можете использовать MongoDB с Spring Data JPA, потому что JPA для реляционных баз данных, таких как MySQL.
Вместо этого вы должны использовать Spring Data MongDB, и вы найдете документацию здесь:
https://docs.spring.io/spring-data/mongodb/docs/2.1.8.RELEASE/reference/html/
Но вот пример с составным ключом:
class StudentChairman {
@Id
private CompositeKey id;
// getters and setters
static class CompositeKey implements Serializable {
private String studentId;
private String groupId;
// getters and setters
}
}