Как указал @MrFlick, для математических аннотаций существует определенный синтаксис. Иногда этого может быть недостаточно из-за сложных формул или определенных символов.
Обход, позволяющий избежать рендеринга графика PDF (созданного с помощью tikz) в средстве просмотра PDF внутри документа HTML, заключается в преобразовании его в другой формат.
Здесь я изменяю заговор графика, чтобы преобразовать pik-график tikz в png и включаю его, используя оригинальный заговор графика.
---
title: "Test"
output: html_document
---
```{r, include=F}
library(pdftools)
library(png)
library(knitr)
oldHook <- knit_hooks$get("plot")
knit_hooks$set(plot = function(x, options) {
fname <- gsub("pdf", "png", x)
bitmap <- pdf_render_page(x, page = 1, dpi = 300)
png::writePNG(bitmap, fname)
oldHook(fname, options)
})
```
```{r, dev='tikz'}
x <- c(0,1,1,1,2,2,2,3)
Fn <- ecdf(x)
plot(Fn , lwd = 2, main="",ylab = "$F(x)$",xlab="$x$",yaxt="n")
```
