Это, вероятно, то, что вы действительно хотите:
cat -n file | shuf | awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"} NR<=355{$3=1} 1' | sort -k1,1n | cut -f2-
например,
$ cat file
1
2
3
4
5
$ cat -n file | shuf | awk 'NR<=2{$0=$0 " modified"} 1' | sort -k1,1n | cut -f2-
1
2
3 modified
4
5 modified
Выше показано изменение 2 из 5 строк ввода и вывод всех строк в исходном порядке.