Один (не очень хороший) хак может состоять в том, чтобы нарисовать линию поверх части осей, отключив ее клип:
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
price = [np.nan, np.nan, 2, 3, np.nan, np.nan, 1]
low_price = [1, 2, 2, 3, 3, 4, 1]
plt.plot(low_price, "k", lw=2)
plt.plot(price, "y", lw=2)
# plot line on axes
line = plt.plot([2, 3], [0, 0], "y", lw=2)[0]
line.set_clip_on(False) # turn off clip
plt.ylim(0, 4) # set ylim so axes doesn't move
plt.show()
