Режим emacs, вероятно, пытается установить двоичный файл intero вне контекста вашего проекта, чтобы гарантировать, что двоичный файл intero не будет затронут выбором библиотек проекта. Я предполагаю, что установка system-ghc: true в вашем пользовательском конфигурационном файле (~/.stack/config.yaml) вместо этого решит эту проблему.
Вы также можете установить install-ghc: false для отключения автоматической установки GHC.