Оказывается, правильный синтаксис был
ddf = dd.read_sql_table('table',
uri,
schema='schema',
index_col='index_col',
engine_kwargs={'connect_args': {'application_name': 'myapp'})
, поскольку вызов для создания механизма sqlalchemy выглядит как
engine = create_engine(uri, connect_kwargs={'application_name':' myapp'})