Кажется, проблема в том, что PHP не закрывал базу данных в конце сценария PHP. Насколько я знаю, PHP автоматически закрывает соединения MySQL в конце скрипта. Это не делает то же самое для sqlite. Таким образом, вам не нужно явно закрывать соединения mySQL, но поскольку Sqlite на самом деле является дескриптором файла, вам необходимо явно закрыть его. Может ли кто-нибудь подтвердить это, чтобы я был уверен?