Самый простой вариант - просто перенаправить www-вызовы на не-www-вызовы. Таким образом, пользователи никогда не остаются в этом другом поддомене.
Если по какой-либо причине вы не можете этого сделать, при установке PWA вы можете сохранить межсубъектный файл cookie, просто чтобы установить «флажок», согласно которому пользователь установил PWA. Затем в своем коде вы слушаете событие beforeinstallprompt
и не запрашиваете установку, если файл cookie существует.