То, что вы делаете, будет работать нормально, но я обычно люблю помещать их в отдельные файлы EAR / WAR.
Основная причина этого заключается в том, что если у вас есть несколько приложений, которые используют одни и те же библиотеки и хотите обновить новую версию для одного приложения, вы можете сделать это, не затрагивая остальные из них. Это, конечно, особенно важно, если в новой версии библиотеки внесены критические изменения, которые затем необходимо будет исправить во всех ваших приложениях, а не только в том, который нуждается в новой версии.