После выполнения первого вычисления на основном фрейме данных попробуйте выполнить расчет для новых данных отдельно, а затем объединить их в конце (при условии, что оба имеют одинаковые столбцы перед объединением).
import pandas as pd
columns = ['c1','c2','c3','c4','c5','c6','c7']
main = pd.read_csv('file.csv', names=columns)
# ... do your calculation
new = pd.read_csv('new_file.csv', names=columns)
# ... do your calculation
all = pd.concat([main, new])
# if you need to reset the index, use the following line instead:
# all = pd.concat([main, new], ignore_index=True)