Код / Процесс для запуска rmarkdown в базе R

Question

Все мои коды разработаны в базе R, и я не хочу использовать RStudio, однако я хочу использовать функцию rmarkdown в базе R, которая доступна в Rstudio.

Я скачал пакет rmarkdown в базу r, но не смог найти код для публикации моей работы

Весь вывод моих кодов, написанных на R, должен просматриваться через веб-браузер.

Answer 1

Сначала убедитесь, что вы используете .Rmd в качестве расширения файла. Если нет, переименуйте его в расширение .Rmd. Убедитесь, что у вас установлен Pandoc в вашей ОС.

Затем добавьте следующее в начало файла:

---
title: "Your notebook title"
output: html_document
---

output: может принимать любое значение. Например, вы можете передать значение ioslides_presentation, если хотите, но похоже, что html_document очень хорошо соответствует критериям того, что вы хотите.

Как только вы это сделаете, напишите свой код в любом редакторе (или консоли R, если хотите). Используйте фрагменты кода и форматирование текста уценки, как обычно:

```{r}
plot(1:10)
```

В моей базовой консоли R вот так выглядит mynotebook.Rmd:

Наконец, используйте функцию render() из rmarkdown. Вы можете прикрепить его и запустить render():

library(rmarkdown)
render("mynotebook.Rmd")

Или запустить rmarkdown::render("mynotebook.Rmd").

Обратите внимание, что использование RStudio совсем не требуется, поскольку Pandoc является конвертером документов, выполняющим эту задачу. Для столь склонных, это то, что говорит его документация:

Когда вы запускаете рендер, R Markdown передает файл .Rmd в knitr, который выполняет все фрагменты кода и создает новую уценку (.md) документ, который включает код и его вывод.

Файл уценки, сгенерированный knitr, затем обрабатывается pandoc который отвечает за создание готового формата.

Это может показаться сложным, но R Markdown делает его чрезвычайно простым инкапсулируя всю вышеуказанную обработку в единый рендер функция.