Вы должны получить все файлы в каталоге, а затем сравнить имя и удалить файл, если имя файла не соответствует вашему файлу
const fs = require('fs');
const path = require('path');
fs.readdir('./', (err, files) => {
if (err) {
console.log(err);
}
files.forEach(file => {
const fileDir = path.join('./, file);
if (file !== 'specialfile.txt') {
fs.unlinkSync(fileDir);
}
});
});