По сути, JAXB (и привязка данных XML в целом) - плохая идея, если схема не очень стабильна.Возможно, вы используете неправильную технологию.Работа с несколькими версиями схемы означает, что вы работаете с несколькими версиями скомпилированного Java-кода, и это всегда будет кошмаром для обслуживания.
Это может не быть полезным предложением, но мой совет: нене начинать отсюдаЕсли необходимо сосуществовать несколько версий схемы, вам нужна технология, в которой приложение не нужно перекомпилировать каждый раз, когда происходит изменение схемы;посмотрите либо на общий низкоуровневый API, такой как JDOM2 или XOM, либо на декларативный XML-ориентированный язык, такой как XSLT, XQuery или LINQ.