Я пишу вам, потому что я трачу много времени, пытаясь пометить свои «сайты» данных в тройке после анализа канонического анализа соответствия (CCA).Моя база данных состоит из сравнения двух сезонов (Сезон1 и Сезон2) с тремя разными слоями в толще воды и 9 биотическими переменными и 9 абиотическими переменными.От 1 до 28 рядов соответствуют первому сезону и от 29 до 49 рядов до второго сезона.В каждом сезоне есть образцы из эпилимниона, металимниона и гиполимниона (разные слои водяного столба).
Мой код для анализа CCA:
library(ggplot2)
library(vegan)
library(matrixStats)
мои метки
abioticlabel<-cbind(ab[,-(1:9)])
abioticlabel
Code2 Code
1 Epi 1
2 Epi 1
3 Epi 1
4 Meta 2
5 Meta 2
6 Meta 2
7 Hypo 3
8 Epi 1
9 Epi 1
10 Epi 1
11 Meta 2
12 Meta 2
###……till 49 cells…
Код моих этикеток
label <- aggregate(abioticlabel[,-(1:10)],list(group=ab$Code2),mean)
label
# group
# 1 Epi
# 2 Hypo
# 3 Meta
Код CCA
spe.cca<-cca(b~.,data=abiotic_data)
Итак, мои сомнения возникают, когда я хочу создать тройку, которая состоит из: 1. Участка A: точекдля сайтов (сайты - это строки, n = 49….) 2. График B: точки для переменных «sp».(Всего у меня 9 переменных). 3. График C: стрелки количественных объяснительных переменных
Результаты триплета:
plot(spe.cca, display=c("sp","lc","cn"), scaling=2, xlab="CCA1 ()", ylab="CCA2 ()")
Поскольку я хочу изменитьТриплот для еще более привлекательного сюжета, я создаю код для каждого сюжета (всего 3).По этой причине я скачал следующие пакеты:
library(ggplot2)
library(FactoMineR)
library(factoextra)
(С этими пакетами в начале у меня тоже было немного проблем, и мне пришлось обновить свою версию R до 3.5.2).
Шаги для «Участка A»:
Сделать пространство для печати
par(mar=c(4,4,2,2))
plot(spe.cca, scaling=2, display=c("sp","lc","cn"),type="n",
+ xlab="CCA1", ylab="CCA2")
Участок A) Точки для «сайтов»
code5 <- scores(spe.cca, choices=1:2, scaling=2, display="lc")
points(code5, pch=1, cex=1.5)
mycode<-scale_color_manual(labels,breaks = c("Epi", "Meta", "Hypo"),
values=c("white", "grey", "black"))
«mycode”Потому что мое представление о коде этикетки таково:
Результаты:
Так как я не получил егоЯ попробовал несколько кодов, следуя ссылке, которую я прилагаю, но я не добился успеха, -S.Так, может кто-нибудь сказать мне, где я должен указать код, который я хочу для своих «сайтов»?
Ссылка
введите описание ссылки здесь
Это моя информационная сессия R
sessionInfo()
R version 3.5.2 (2018-12-20)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 17134)