Таким образом, ответ вашего квеста лежит в самом вопросе.Вы хотите делать комментарии в файлах HTML и JS, но не хотите, чтобы они были показаны публике.В этом случае вы должны сделать компиляцию этих файлов и удалить комментарии.Такой инструмент уже разработан, и он называется Webpack.
Вот ссылка на Документы Webpack
Это не только удалит ваши комментарии, но и скомпилирует и сократитлюбой код JS, который вы бросаете на него.