проблема в том, что у вас нет конкретной связи между вашими двумя таблицами. он быстро возвращается в phpmyadmin, потому что phpmyadmin добавляет предложение LIMIT, которое позволяет серверу mysql быстро прекратить отправку строк, никогда не приближаясь к таймауту.
вы думаете, что запрос просто извлекает строки, в которых квартиры не сданы в аренду и являются активными, но на самом деле вы получаете то, что количество строк * количество окрестностей в вашей базе данных.
перепишите ваш запрос следующим образом:
SELECT
cake_apartments.id,
cake_apartments.Headline,
cake_apartments.Description,
cake_apartments.photoset_id,
cake_apartments.Rental_Price,
cake_apartments.Bedrooms,
cake_apartments.Bathrooms
FROM
cake_apartments
JOIN
cake_neighborhoods
ON
cake_neighborhoods.id = cake_apartments.neighborhood_id
WHERE
(cake_apartments.Rented = 0)
AND
(cake_apartments.status = 'Active')
ORDER BY
cake_neighborhoods.Name DESC
обратите внимание, что я только догадывался о том, как две таблицы связаны в предложении ON, поэтому, если я ошибся, вам придется настроить его.