Скользящая средняя по нескольким временным рядам с использованием ggplot

Question

Привет. Я отчаянно пытаюсь построить несколько временных рядов с 12-месячной скользящей средней.

Вот пример с двумя временными рядами плотности цветов и семян. (У меня гораздо больше временных рядов для работы ...)

#datasets
taxon <- c(rep("Flower",36),rep("Seeds",36))
density <- c(seq(20, 228, length=36),seq(33, 259, length=36))
year <- rep(c(rep("2000",12),rep("2001",12),rep("2002",12)),2)
ymd <- c(rep(seq(ymd('2000-01-01'),ymd('2002-12-01'), by = 'months'),2))

#dataframe
df <- data.frame(taxon, density, year, ymd)

library(forecast)

#create function that does a Symmetric Weighted Moving Average (2x12) of the monthly log density of flowers and seeds 
ma_12 <- function(x) {
  ts_x <- ts(x, freq = 12, start = c(2000, 1), end = c(2002, 12)) # transform to time-series object as it is necessary to run the ma function
  return(ma(log(ts_x + 1), order = 12, centre = T))
}


#trial of the function
ma_12(df[df$taxon=="Flower",]$density)  #works well

library(ggplot2)

#Trying to plot flower and seeds log density as two time series 
ggplot(df,aes(x=year,y=density,colour=factor(taxon),group=factor(taxon))) +
  stat_summary(fun.y = ma_12, geom = "line")  #or geom = "smooth"

#Warning message:
#Computation failed in `stat_summary()`:
#invalid time series parameters specified 

Функция ma_12 работает правильно. Проблема возникает, когда я пытаюсь построить оба временных ряда (Цветок и Семя), используя ggplot. Я не могу определить оба таксона как разные временные ряды и применить к ним скользящее среднее. Кажется, это связано с "stat_summary" ...

Любая помощь будет приветствоваться! Заранее спасибо

Примечание. Следующая ссылка весьма полезна, но не может помочь мне напрямую, поскольку я хочу применить определенную функцию и построить ее в соответствии с уровнями одной групповой переменной. Пока я не могу найти никакого решения. В любом случае, спасибо, что предложили мне это. Несколько временных рядов на одном графике

Answer 1

Это то, что вам нужно?

f <- ma_12(df[df$taxon=="Flower", ]$density)
s <- ma_12(df[df$taxon=="Seeds", ]$density)

f <- cbind(f,time(f))
s <- cbind(s,time(s))

serie <- data.frame(rbind(f,s),
                taxon=c(rep("Flower", dim(f)[1]), rep("Seeds", dim(s)[1])))
serie$density <- exp(serie$f)

library(lubridate)
serie$time <- ymd(format(date_decimal(serie$time), "%Y-%m-%d"))

library(ggplot2)
ggplot() + geom_point(data=df, aes(x=ymd, y=density, color=taxon, group=taxon)) +
geom_line(data=serie, aes(x= time, y=density, color=taxon, group=taxon))