Поскольку вы делите на 1000, вы получаете десятичное значение при большинстве попыток, и, следовательно, остаток по модулю не равен 0. Удалите / 1000
, и вы будете получать чеки чаще.
var secounds = new Date().getTime();
if (secounds % 2 == 0){
console.log(secounds, secounds/1000, "even");
} else {
console.log(secounds, secounds/1000, "odd");
}