Это, скорее всего, связано с библиотеками, от которых зависит ваш код, или от того, какой другой код в вашем проекте зависит от вашего теперь обфусцированного кода, однако его ссылки указывают на имена методов необфускацированного jar.
Дайте мне знать, если тот пролетел мимо вашей головы, я постараюсь объяснить это немного лучше, если смогу.
Небольшой пример:
OldClass { //This class, has reference to LibClass.callMethod
void oldMethod() {
LibClass.callMethod();
}
}
LibClass {
static void callMethod() {
//now if this gets obfuscated,
//and the above code is never renamed to this new obfuscated name
// you will get errors like you are seeing (The method doesn't exist anymore)
}
}