Существуют две проблемы с хранением файлов проекта IDE в системе контроля версий.
Во-первых, файлы IDE, как правило, представляют собой смесь данных проекта и пользовательских данных, и вам нужно будет зафиксировать только первое, опуская второе. Это легко сделать для некоторых IDE, но не для других, и в любом случае знание того, как специфичен IDE.
Во-вторых, если несколько IDE используются для одного и того же проекта (разными пользователями или на разных машинах), то вы получите два набора файлов проекта, которые могут легко потерять синхронизацию. (Я не говорю о случае, когда все всегда используют VS для этой части кода, и все всегда используют Idea для этой части кода; я имею в виду, если Алиса использует Идея и Боб использует Eclipse для ту же часть кода .)
Как я понимаю ваш вопрос, похоже, у вас последняя проблема. В этом случае вы должны посмотреть, сможете ли вы найти нейтральный для IDE инструмент, который может управлять описанием проекта, из которого отдельные IDE могут его импортировать. Затем вы можете управлять исходным кодом только описанием проекта, не зависящим от IDE. Если это невозможно, вам может потребоваться выяснить, можете ли вы стандартизировать одну IDE на модуль, по крайней мере, в той степени, в которой «это управление каноническим описанием проекта, поэтому, если вы хотите использовать что-то другое, вы» самостоятельно импортировать / экспортировать эту информацию в вашу среду IDE, поскольку ваши файлы IDE не будут контролироваться источником ".
Даже если каждый проект управляется в одной и только одной среде IDE, все же могут быть преимущества использования определения проекта, которое, по возможности, не привязано к среде IDE, но в этом случае у вас по крайней мере есть возможность проконсультироваться с IDE документы, чтобы увидеть, что следует, а что не следует помещать в систему контроля версий.