Вы можете просто нарезать массив и заполнить его по диагонали:
In [13]: import numpy as np
In [14]: a = np.zeros((6,5), int)
In [15]: np.fill_diagonal(a[1:], [2,3,4,5,6])
In [16]: a
Out[16]:
array([[0, 0, 0, 0, 0],
[2, 0, 0, 0, 0],
[0, 3, 0, 0, 0],
[0, 0, 4, 0, 0],
[0, 0, 0, 5, 0],
[0, 0, 0, 0, 6]])