У вас есть довольно много вариантов здесь.
Короче говоря, вы можете использовать содержимое вашей базы данных для заполнения запросов. SoapUi имеет этапы тестирования ODBC, которые позволяют подключаться к БД, выполнять запрос и обрабатывать результаты.
Если этот шаг теста не обеспечивает необходимой гибкости, вы можете использовать шаг теста Groovy для написания сценария взаимодействия с БД.
Наконец, описанный вами подход к выполнению 1000 запросов с использованием ваших данных для заполнения запросов - это «тест на основе данных».
На сайтах Smartbear есть множество примеров того, как их настроить. На сайте Smartbear и SO форумах тоже есть много вопросов на эту тему.