Одним из простых решений было бы иметь массив, содержащий уже отправленных сообщений пользователей, и отправлять сообщения только тем, кто не находится в массиве.Например ...
const done = [];
client.guilds.forEach(guild => {
if (!done.includes(guild.ownerID)) {
client.users.get(guild.ownerID).send('test')
.catch(err => console.error(err));
done.push(guild.ownerID);
}
});