Вероятно, вы столкнулись с проблемой взаимоблокировки между вашим QueueClient и вашим контроллером WebAPI.Здесь есть отличное объяснение здесь , но, по сути, QueueClient не может вернуть данные, потому что он ожидает, пока тот же поток откроет, что WebAPI заблокирован.Консольные приложения не имеют этой проблемы, потому что у них нет ничего асинхронно работающего, кроме того, что вы укажете.
Вы должны либо синхронизировать вызовы служебной шины, либо убедиться, что все вызовы методов в стекеасинхронны, чтобы вы не попали в этот тупик.
Если вы поделитесь кодом своего контроллера, я помогу подтвердить, что это проблема, и помочь изменить ваш код для ее решения.