Ответ - да.
Вы можете создать консольное приложение и создать его, а затем включить сгенерированный файл .exe / другие файлы .dll в файл .zip. Затем загрузите файл .zip на веб-работу Azure.
Поддерживаемые типы файлов см. здесь .
Для создания запланированного веб-задания, пожалуйста, обратитесь здесь . И скриншот о том, как создать запланированное веб-задание:
