Да, вы можете использовать функцию шаблонирования HTML в eXist в любой из ваших коллекций, но, поскольку в разделе документации настройка указано, что вам нужно убедиться, что следующие модули ответственны для работы с шаблонизатором в новой коллекции:
controller.xqlmodules/view.xql
Для простоты вы можете просто скопировать эти файлы из вашей исходной коллекции в целевую коллекцию, и они должны работать одинаково.