Это происходит потому, что вы удаляете элемент из DOM, а затем добавляете новый, так что вы меняете высоту элемента на секунду, страница прокручивается.
Вы должны заменить элемент, вместо этого удалив его.
например - и это не логично, что вы намеревались:
setInterval(function() {
$('.scrollable').children().first().replaceWith('<div>'+(Date.now())+'</div>');
}, 1000);
просто изменит элемент без изменения высоты или окна. Смещение