Предполагая, что ваши трехмерные данные интерпретируются как матрица 40 на 40 объектов для каждого из экземпляров 2016 года (третье измерение), нам придется перестроить их как матрицу размера 2016 на 1600 (строкиобразцы, столбцы размеры):
%# random data instead of the `load data.mat`
testing = rand(40,40,200);
training = rand(40,40,2016);
labels = randi(3, [2016 1]); %# a class label for each training instance
%# (out of 3 possible classes)
%# arrange data as a matrix whose rows are the instances,
%# and columns are the features
training = reshape(training, [40*40 2016])';
testing = reshape(testing, [40*40 200])';
%# k-nearest neighbor classification
prediction = knnclassify(testing, training, labels);