Я знаю людей, которые используют ATI Stream SDK и ACML-GPU в Ubuntu без каких-либо особых проблем, то есть проблем, которых у них не было бы ни в одном другом дистрибутиве Linux.
Если вы можете правильно установить драйверы Catalyst (что в этом случае, вероятно, будет означать компиляцию модулей вашего ядра) и правильно сконфигурировать ваши X windows (особенно модуль DRI, и возникают проблемы безопасности, если вы хотите, чтобы Stream работал с удаленным доступом ) это должно работать.
Я испытываю желание спросить / прокомментировать, как вы планируете разделять графические процессоры между несколькими процессами MPI, но это, вероятно, отклоняется от темы.