Я не знаю стандартного подхода к этому. Как правило, проще всего разграничить ветки, добавив что-то другое к номеру версии или, возможно, к артефакту.
Вы также можете использовать схему нумерации для разграничения ветвей. Например, если транк является версией 2.0 (следующий основной выпуск), тогда ветвь может быть 1.1 (выпуск для предыдущего выпуска).
Я не уверен, что вы подразумеваете под "нашим локальным хранилищем". Если вы имеете в виду общий внутренний репозиторий группы / компании, то вы, конечно же, хотите избежать коллизий версий в разных ветвях, в противном случае вы получите очень странные проблемы со сборкой с разными артефактами, имеющими одинаковое имя / версию.
Если разработчики работают ТОЛЬКО над ветвями в своих локальных репозиториях, и эти разветвленные артефакты не добавляются в какой-либо общий репозиторий (например, через некоторый CI-сервер), тогда у вас должно быть все в порядке.
Вы также должны быть осторожны с разветвленными проектами в зависимости от общих артефактов.
Предположим, у вас есть A (транк) и B (ветвь), оба зависят от C. Если вы сделаете изменение в C, чтобы поддержать изменения в B, то на A повлияет. В этой ситуации вам нужно разветвляться или просто быть очень осторожным.