Как гарантировать, что оба графика имеют цветовую кодировку в соответствии с кодом?

Question

Я пытаюсь раскрасить мои графики в R в соответствии с тем, какие виды я пробовал во время измерения уровня Cu в растительности.

Я написал код, который должен обеспечивать правильные цвета, и при добавлении в строку кода, начинающуюся с «plot», цветовой код работает, однако, когда я пытаюсь добавить его в свои «точки», цвета появляются так же, как в предыдущей сюжетной линии, то есть не указывают на правильный вид.

На изображении ниже вы можете видеть, что половина точек черная, однако, когда я добавляю «col = color» к коду к своим «точкам», черные точки становятся такими же, как и точки. цветной, что неверно. Кто-нибудь знает, как я могу убедиться, что код работает как для исходного сюжета, так и для добавленных точек?

    Species = read_xlsx("~/KU/Kandidat/Thesis/Stat/All data_with H.xlsx")

    color = rep(NA, length=length(All_data_with_H$Species))
    color[which(All_data_with_H$Species=="1")] = "blue"
    color[which(All_data_with_H$Species=="2")] = "red"
    color[which(All_data_with_H$Species=="3")] = "darkmagenta"
    color[which(All_data_with_H$Species=="4")] = "gold"
    color[which(All_data_with_H$Species=="5")] = "violetred1"
    color[which(All_data_with_H$Species=="6")] = "lawngreen"
    color[which(All_data_with_H$Species=="7")] = "black"


   layout(matrix(c(1,2,3,3), ncol=2, byrow=TRUE), heights=c(3, 1))

   par(mai=rep(0.7, 4))
   plot(Distance_m[Location=="T1"], Cu_V[Location=="T1"], xlab = "Distance 
   (m) along transects", ylab = "Cu (µg/g) in vegetation", ylim = c(0,30), 
   col = color, pch = 20, frame.plot=FALSE, box(bty="l"))
   points(Distance_m[Location=="T2"], Cu_V[Location=="T2"], pch = 20)
   plot(Distance_m[Location=="MPS"], Cu_V[Location=="MPS"], xlab = "Reference 
   points", ylab = "", yaxt="n", xaxt="n",xlim = c(1,3), ylim = c(0,30), pch 
   = 20, col = color, frame.plot=FALSE, box(bty="l"))
   axis(1,at=1:3, labels =   c("MPS","SAK","SON"))
   points(Distance_m[Location=="SAK"], Cu_V[Location=="SAK"], pch = 20)
   points(Distance_m[Location=="SON"], Cu_V[Location=="SON"], pch = 20)

   mtext(expression(bold('Cu (µg/g) in vegetation samples')), side= 3, outer 
   = T, line =-2)

Пример моего графика без правильных цветов