В apache commons-io есть класс FileUtils, который возвращает список файлов.
package test;
import java.io.File;
import java.io.IOException;
import java.util.List;
import org.apache.commons.io.FileUtils;
public class TestFiles {
public static void main(String[] args) throws IOException {
File dir = new File("<dir>");
String[] extensions = new String[] { "txt" };
List<File> files = (List<File>) FileUtils.listFiles(dir, extensions, true);
}
}