Я понимаю, что это не идеально, но если у вас есть цепочка команд для выполнения через sudo, вы можете запустить их как sudo bash -c "command1; command2"
:
In [11]: stdin, stdout, stderr = client.exec_command('sudo bash -c "id; id"')
In [12]: stdout.read().splitlines()
Out[12]:
[b'uid=0(root) gid=0(root) groups=0(root)',
b'uid=0(root) gid=0(root) groups=0(root)']