По умолчанию knitr отбрасывает последовательные идентичные графики в одном и том же фрагменте кода.Если вы хотите сохранить все из них, вы можете использовать параметр чанка fig.keep = 'all'
, например,
```{r code chunk 2, fig.keep='all'}
plot(pressure)
plot(pressure)
```
Что касается причины, см. (Старое) руководство https://yihui.name/knitr/demo/manual/ (раздел 3.2.).Короче говоря, knitr делает снимок текущего графического устройства после оценки каждого выражения в фрагменте кода (независимо от того, имеет ли выражение какое-либо отношение к построению графика) и проверяет, есть ли какие-либо изменения в снимке,Если моментальный снимок остается идентичным предыдущей версии, предполагается, что новый график не был создан.Вы можете заставить knitr сохранить все графики, даже если они идентичны, с помощью fig.keep = 'all'
.