Возможно ли, что у вас установлена nvm и что pm2 использует другую версию узла?
Если это так, просто чтобы проверить, хорошо ли работает ваша текущая версия узла, попробуйтебежать
pm2 start server.js --interpreter=~/.nvm/versions/node/`nvm current`/bin/node