Вы поместили classVar вне определения интерфейса. Это заставит компилятор думать, что вы объявляете глобальную переменную, и, поскольку это выглядит как заголовочный файл (.h), он также будет создан во всех файлах, включая этот заголовочный файл. Я предполагаю, что предупреждение приходит при компиляции файла, отличного от MyViewController.m, который включает этот заголовочный файл.
EDIT
Мое предложение состоит в том, чтобы вы переместили classVar в файл .m для MyViewController (неправильно интерпретировал то, что вы делали после первого)