WP использует модель схемы EAV (Entity-Attribute-Value). Это довольно неуклюже, и оно не масштабируется далеко за пределы «тысяч».
Однако есть частичное исправление путем улучшения "мета" схем в WP: http://mysql.rjweb.org/doc.php/index_cookbook_mysql#speeding_up_wp_postmeta
«Реальное» исправление состоит в том, чтобы создать собственную схему со столбцами для атрибутов, не пытаясь найти их косвенно.
Нет реальной веской причины, чтобы страна-> Штат-> Город была иерархией. Плоский стол с этими 3 столбцами (и, возможно, с некоторыми другими) быстрее и менее неуклюж. Другие таксономии, возможно, должны храниться иерархически. Хотели бы вы обсудить конкретный вопрос?
В MySQL 8 появилась новая функция: CTE. Они упрощают написание запросов к иерархии.