IIS имеет систему распределенной конфигурации, и, как упоминает Лекс Ли, большой ресурс для ознакомления: https://docs.microsoft.com/en-us/iis/get-started/planning-your-iis-architecture/the-configuration-system-in-iis-7
Ваши изменения конфигурации, несомненно, были отправлены в файл web.config. Расположение, в котором изменяется конфигурация, зависит от конфигурации, но по умолчанию фильтрация запросов переходит к самому низкому файлу конфигурации, для которого вы устанавливаете. Другими словами, если вы настраиваете фильтрацию запросов для сайта, он перейдет в web.config этого сайта. Если вы настраиваете в подкаталоге, он перейдет в web.config этого подкаталога. На самом деле вы можете влиять на то, куда идут настройки (то есть на конкретную конфигурацию сайта можно перейти по ApplicaitonHost.config), и это намного проще с помощью командной строки.
Если вы посмотрите на образец AppCmd.exe в документации ScanHeaders, эти команды внесут изменения (по умолчанию) в веб-сайт по умолчанию web.config. Вы можете добавить / зафиксировать: AppHost в конце их, чтобы параметры применялись к ApplicationHost.config.