Отредактируйте файл .gitignore, который находится в корневом каталоге (где был инициализирован репозиторий git) вашего приложения, и добавьте
src/main/frontend/node_modules/
Вы можете использовать несколько файлов .gitignore, но по умолчанию используется только корневой файл, и если вам просто нужно исключить node_modules, то вышеупомянутое решение будет работать.