В зависимости от того, как вы используете этот конфигурационный файл, вы можете использовать внешнюю программу.
Например, если вы хотите защитить файл конфигурации, пока он находится на диске, но у вас все в порядке, если его содержимое хранится в памяти во время работы программы, вы можете использовать gpg для шифрования файл, расшифруйте его в памяти с помощью предоставленного пользователем пароля, требуемого программой при запуске, а затем очистите память при завершении работы программы. [1]
[1] Стоит отметить, что нет реального способа гарантировать содержимое не будет записано на диск из-за подкачки памяти и тому подобного. Это зависит от операционной системы и множества факторов, которые вы можете посмотреть, если вам это интересно.