Подстановка строк на основе имен в PCA

Question

Я хочу разместить свои данные по именам сайтов на PCA.

У меня есть матричные данные примерно из 200 строк.Они перечисляют названия сайтов, годы и данные об окружающей среде.Я должен был преобразовать свои данные.Затем я проверил PCA на ВСЕХ моих данных (всего 20 сайтов).В рамках проекта я хочу отображать только НЕКОТОРЫЕ сайты на биплоте, но используя длины стрелок всего набора данных.Поскольку у меня есть сочетание чисел - и +, команда подмножества не работает.Я использую две разные команды построения графиков: cleanplot и autoplot.

Создание var.subset не работает с - / +.Я также пробовал команду fviz_pca_ind с select.ind, и это тоже не сработало.

Я относительно новичок в R и не очень разбираюсь во всех пакетах и ​​т. Д., И уже несколько часов ищу эту проблему.

## a small/abridged sample of the type of data I am working with. 

view(env)

site     coral_cover      soft_coral    algae
A   -1.299642738    -0.899981100    0.31297676
A   -0.543243466    -0.899981100    -0.37866568
A   -1.369679707    -0.899981100    -0.37866568
B   -1.243613162    -0.899981100    -0.24033719
B   -1.411701889    -0.899981100    -0.37866568
B   0.269185382 0.232783249 -0.37866568
B   0.759444169 -0.220322491    -0.30950144
C   1.473821260 -0.107046056    -0.37866568
C   -0.669310011    0.346059684 -0.30950144
C   0.241170594 1.592100468 -0.37866568
C   1.781983926 -0.673428230    -0.37866568
D   2.324770441 -0.050407838    1.35044042
D   0.507311079 -0.220322491    0.10548403
D   -1.327657526    0.346059684 -0.37866568
D   -0.669310011    0.912441858 -0.37866568
E   0.871503321 -0.333598926    -0.37866568
E   0.643883169 -0.475194469    -0.20575507
E   0.003044897 -0.899981100    0.17464827

# PCA on the environmental data
env.pca <- rda(env) 


##Plot
dev.new(width = 8,
        height = 6,
        title = "PCA biplots - env - autoplot", 
        noRStudioGD = TRUE
)
par(mfrow = c(1, 1))
autoplot(prcomp(env), 
         data= env.all, 
         colour= "reserve_status",  
         shape= "site",
         loadings= TRUE, 
         loadings.colour = 'black',
         loadings.label=TRUE, 
         loadings.label.colour = 'black',
         mar.percent = 0.5
) 

##This command will show all 5 sites, but what if I only wanted to display "A", "C" and "E"

Это сюжет со всем на нем

Это в основном то, что я хочу, но чтобы иметь возможность выбирать, какие сайты я хочу.Я получил этот сюжет в результате ошибки кода. Что я хочу - иш