Приведенный выше комментарий уже предлагал взглянуть на ASCII / двоичный режим. Это странное свойство FTP, что файлы могут рассматриваться как текст ASCII (в этом случае передача по FTP автоматически изменит кодировку концов строк в соответствии с кодировкой, используемой целевой машиной) или двоичной (в этом случае они будут переданы без каких-либо изменений).
Искажение, которое вы цитировали в своем вопросе, вероятно, не в два раза хуже, чем кажется; некоторые редакторы на самом деле не отображают кодирование конца строки в стиле UNIX (именно это, вероятно, FTP в режиме ASCII помещает в ваши файлы), даже если оно там есть.
Различные кодировки для концов строк являются постоянным источником горя в переносимых компьютерных вычислениях ... в этом случае лучшее, что я могу порекомендовать, - это попробовать, работает ли он так, как вы это делаете сейчас, и если нет, попробуйте установить другой режим передачи для вашего FTP-клиента.