Если я вас правильно понял, вы попробуйте что-то вроде этого:
require(tidyverse)
rbind(df1 %>%
mutate(dataset = "one"),
df2 %>%
mutate(dataset = "two")) %>%
ggplot(aes(date, cases,
group = dataset,
color = dataset)) +
geom_point() +
geom_smooth(method = "loess")
Результат: 
Пример данных:
df1 <- data.frame(date = c(1, 2, 3, 4, 5),
cases = c(20, 30, 40, 50, 60))
df2 <- data.frame(date = c(10, 6, 7, 8, 9),
cases = c(80, 90, 100, 110, 120))