Как мне создавать папки и добавлять / обновлять Javascript (использовать фреймворк jQuery для моего сайта) на сайтах Google?
Чтобы создать новые папки, просто добавьте новую страницу (например, «foo»). Затем, когда вы добавляете вторую страницу (называемую, например, "bar"), вы можете выбрать, чтобы она шла под "foo" (поэтому результат равен http://sites.google.com/site/yoursitename/foo/bar/
Что касается javascript, я думаю, что вы должны создать "гаджет" (см. http://sites.google.com/site/gsunhelp/step-by-step-guides/buildinggadgetsforgooglesites)