Для областей со стеклянным эффектом: я думаю, что это не работает, потому что эти области могут быть нарисованы каким-то странным методом DirectX вместо обычного GDI.
Для проблемы свернутых окон: если окно свернуто, его DC не окрашивается (концептуально, у него даже нет причин существовать); Вы должны попытаться отправить в такие окна сообщение WM_PRINT с просьбой нарисовать себя на DC, который вы им предоставите. Проблема этого подхода заключается в том, что не все окна правильно обрабатывают WM_PRINT.