Я использую код, который вызывает hmmviterbi сотни тысяч раз для длинных последовательностей выбросов (около 10000000 символов) и больших матриц вероятностей A и B. При каждом вызове.Это заставляет мой код работать в течение нескольких дней.
Есть ли какая-либо другая реализация, кроме предлагаемой инструментарием HMM, которая работает быстрее?
Здесь функция вызывается сотни тысяч раз:
function [ acc ] = fitness(A, B)
hmm_states = hmmviterbi(testing_data.getsetData.seqs,A,B) ;
c = hmm_states == testing_data.getsetData.states ;
acc = ( sum(c(:) == 1) ) / size(hmm_states,2) ;
end
Заранее спасибо.